审计处是学校负责内部审计的行政职能部门，前身为成立于1997年的毕节师范高等专科学校审计室，2005年学校升本后至2011年审计与监察合署办公，2011年7月学校内设机构调整单独设立审计处，下设综合科、审计科两个科室，现有编制5人。

审计处依照国家法律和法规以及学院内部的规章制度，独立行使内部审计监督权，主要负责对学校的财务管理、资产管理、工程管理、采购管理、二级机构领导干部任期和离任经济责任等进行审计监督，并开展相关审计调查工作，为学校相关经济活动提供审计咨询服务，促进学校教育改革和发展。