以本地区及周边区域（重点是赤水河流域）生态系统中具有区域特色的生物自然种群和人工驯化种群为研究对象，从分子、个体、种群、群落和系统水平，深入研究生命系统与环境、人类活动之间的相互作用规律与发展机制；研究各子系统间现象、过程、原理、机制，揭示其物质循环、能量流动、信息传递、价值增殖的内在规律，为提高生态系统自稳性、系统生产力和流域管理提供科学的决策依据、工程手段和生产措施，促进本学科建设的可持续发展和服务能力的整体提高，形成具有明显优势和区域特色的四个重点研究方向。具体为江河鱼类生态学、恢复生态学、农业生态学、流域信息系统四个方向。